Vláda SR má dnes na programe aj návrh na zmenu zmluvy o vytvorení colnej únie z 29. októbra 1992. V zmluve totiž treba vyjadriť možnosti ukončenia únie v súvislosti so začlenením oboch krajín (ČR a SR) eventuálne aj niektorej z nich do EÚ. Členstvo v EÚ je totiž nezlučiteľné s členstvom v ďalších ekonomických zoskupeniach, kde sa vzájomne upravuje režim zahraničného obchodu. Podľa doterajšieho znenia zmluvy je výpovedná lehota colnej únie 12 mesiacov, čo je nepraktické. Zmena predpokladá jej automatický zánik po vstupe aspoň jedného štátu do EÚ. Očakáva sa, že zmluvu podpíšu premiéri SR a ČR na predpokladanom tradičnom stretnutí v závere roka 2002.